油断するなここは戦場だ

コライダーの勉強会:コマンドラインでの作業

コライダーの勉強会で使うコード類はコマンドラインで作業する必要があります。コマンドラインで作業になれましょう。

1)

ls directory の中身の一覧

ls -l 属性も含め表示

ls -lh さらにファイルのバイト数を人間にフレンドリーに表示

ls *.cc .cc というファイルだけ表示

2)

rm file 名とすると file を消すことができます。つまり rm * とやるとそのなかのファイルがすべて消えます。
これを避けるために
home directory の下の .bash_profile の下に以下のように書き足すことを強く勧めます。

alias rm='rm -i'
alias ls='ls -FG'

これを書き足したあとで terminal を閉じて再度ひらいて
alias rm とうって

alias rm='rm -i’
となることを確認。

rm file1 とやると
rm file1? と聞いてくるので yes と答えるとfile が消える

うむを言わさず消したいときは rm -f

directory を file もろともてしたいときは rm -r

そのほか mv (移動) cp (コピ-) chmod(ファイル属性の変更)などは使うはず。

ジャンル別UNIXコマンド一覧 (*BSD/Linux)
http://x68000.q-e-d.net/~68user/unix/genre.html#genre0

3)

grep hogehoge *.cc *.cc というファイルの中で hogehoge という行があるところを表示

diff file1 fil2 file1 と file2 の中身の違いを出力

diff file1 file2 >diff_file とすると差が diff_file に書き出される
> は出力リダイレクト といって、標準出力(画面の吐き出し)をファイルに書く。
>& は標準出力だけでなく標準エラー出力も書く。



4)
emacs :editor です。
 emacs コマンド一覧(置換・コピー・検索・終了)
http://uguisu.skr.jp/Windows/emacs.html

vi 別の editor です。破滅的なことが起こったときに
   http://net-newbie.com/linux/commands/vi.html

5)
terminal で env と打ってみる
いろいろ出ますが、PATH とかいてある行を見つけます。

PATH=/Users/nojiri/root/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin:/usr/texbin
terminal でのコマンドはここで指定された directoryのものはfull pathでかかなくても使えます。

terminal でうって使えるコマンドは、 which コマンド とやるとどこに実行ファイルがおかれているかわかる
$ which emacs
/usr/bin/emacs

なので ~をinstall したはずなのに立ち上がらないのであれば、このPATH のあるところにおかれていないから。
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# by mihoko_nojiri | 2015-11-05 11:59 | 物理

コライダー勉強会下準備

11月12日のコライダーの勉強会に参加する人へ。

職場のweb への入り方がわからなくなったので、とりあえず
こちらから。

当日までに

root
hepmc
pythia8
delphes3

はinstall ずみとなるようにしてください。(とりあえずinstall しようとしてみてください)
なおメールで ElCapten 用のおすすめ手順を流します。


・hepmc は イベント記録するための共通のインターフェースです。

http://lcgapp.cern.ch/project/simu/HepMC/download/
ソースをダウンロード
・ directory に入って
以下それぞれ異常がなければ

$ ./configure --with-momentum=GEV --with-length=MM
  $ make
  $ make check
$ sudo make install
などと進みます。  configure -> make -> make check -> make install が普通です。
 
いろいろ問題が発生するかもしれませんが、とくにターミナルで 
$gcc --version などとうってありませんといわれたら、 gcc がはいっていないので、
mac の方は Xcode などいれてください

同様に、ROOT install
https://root.cern.ch/downloading-root
ROOT 5 をいれてください

Pythia8 (down load)
http://home.thep.lu.se/~torbjorn/Pythia.html

$ ./configure -―with-hepmc2
と最低hepmc と使えるようにしてください。

Delphes (簡易 detector simulartor )
https://cp3.irmp.ucl.ac.be/projects/delphes

問題が発生した場合は、それぞれの機関で詳しい人にきいてください。
(東大ー>TE洲くんかEさん  柏キャンパスー>Tさん KEK-> 野尻)
問題が発生した場合に野尻まで報告いただけるとこのページが
充実します。

それではよろしくお願いします。
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# by mihoko_nojiri | 2015-11-03 23:42 | 物理

ROOT PyRoot problem with anaconda on Mac OSX 10.8 10.9 10.10 for CheckMATE

I tried to compile CheckMATE and I had run-time error.

Fatal Python error: PyThreadState_Get: no current thread

The problem comes from ROOT, and this is a memo what I did.

1. To compile ROOT with anaconda python and clang, on Mac 10.9 or 10.10,
where anaconda is either installed in home directory or though pyenv of Homebrew

ROOT can be complied, but it refers wrong library.
In ROOT lib directory, do as follows,

install_name_tool -change libpython2.7.dylib (my_anaconda_path)/lib/libpython2.7.dylib libPyROOT.so

(Thanks to Endo-sensei )


2. I also have Mac 10.8 running with gcc 4.7.1 downloaded from HPC.

For this one, I need to set LD (and? DYLD) path for anaconda lib
installed in home directry, otherwise anaconda python is referred
in some inconsistent manner.

To compile ROOT 5, I needed to disable cocoa and asimage.

--with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-ld=g++ --disable-cocoa --disable-asimage

Others work.
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# by mihoko_nojiri | 2015-02-14 12:41

physics at LHC
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